Carinska uprava je u sklopu implementacije NCTS-a uspostavila Helpdesk službu za pomoć korisnicima. Kontinuirana podrška osigurana je u vremenu od 00.00 – 24.00 sata.
Osnovna zadaća Helpdesk-a je pružiti pomoć svim sudionicima u provoznom postupku (ovlaštenim otpremnicima, gospodarskim subjektima korisnicima pojednostavnjenih carinskih postupaka, prijevoznicima i carinskim službenicima) i na taj način osigurati kvalitetan i stabilan rad sustava.